[R-es] Estudio posthoc de la interacción

[Rodrigo López Correa]

Estimados,

Estoy analizando el siguiente modelo para producción de leche y he
utilizado el paquete car para plantear el siguiente modelo de efectos fijos:


modelo<-Anova(lm(leche~tambo_ypart+mpart+lact+rcs_categ3+lact*:*
rcs_categ3,data=a),type="III")

El resultado dio siginificativa la interacción entre lact y rcs_categ3.

Para analizar la interacción, utilicé el paquete phia:

interacc_medias<-interactionMeans(modelo)

Pero me produce el siguiente error:

*Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*


Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u otro?


Muchas gracias!

Rodrigo.


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[Javier Marcuzzi]

Estimado Rodrigo López Correa

Yo realizo ese tipo de análisis en mi vida profesional.

¿Qué título tiene o que estudia?

Lo que usted escribe tiene sentido pero biológicamente está con errores, en
su modelo, la producción de leche depende del tambo, mes de parto, año de
parto, lactancia, recuento de células somáticas y relación entre lactancia
y células somáticas. Luego dice que tiene relación significativa entre la
lactancia y células somáticas.

Biológicamente las células somáticas afectan la producción de leche, la
producción de leche afecta las lactancias, entrando muy fino puede haber
diferencias en la histología, pero un cambio por ejemplo ambiental afecta
el recuento de células somáticas. Si mira algún artículo del Journal Dairy
Science su modelo no tiene algo típico como leche = hys + ..., una simple
pregunta como si al envejecer la vaca aumentan las células somáticas, es lo
único a lo que apunta claramente su modelo a responder desde mi punto de
vista, el resto de su modelo tiene problemas biológicos, le recomiendo
definir un poco más ese aspecto de acuerdo a lo que buscas, R le puede
procesar información y dar resultados, pero las vacas se manejan con otras
reglas.

Usted tiene un error anterior, el análisis de las variancias puede ser
bueno, pero usted no está reflejando la producción de leche, no le falta
mucho para escribir el modelo en una forma adecuada, luego lo puede
complicar todo lo que desea, pero le recomiendo ver ese aspecto antes de
continuar.

Javier Rubén Marcuzzi

Post by Rodrigo López Correa
Estimados,
Estoy analizando el siguiente modelo para producción de leche y he
modelo<-Anova(lm(leche~tambo_ypart+mpart+lact+rcs_categ3+lact*:*
rcs_categ3,data=a),type="III")
El resultado dio siginificativa la interacción entre lact y rcs_categ3.
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*Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*
Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u otro?
Muchas gracias!
Rodrigo.
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[Rodrigo López Correa]

Estimado Javier Marcuzzi,

Antes que nada muchas gracias por sus sugerencias.

Le comento que soy estudiante de posgrado en Mejoramiento animal y el
ejemplo que planteo es simplemente un análisis apenas preliminar de efectos
fijos, que busca estimar la influencia de recuento de células somáticas
(entre otras variables) sobre producción de leche.

Entiendo que el efecto rodeo-año-estación está de alguna manera contemplado
en el ejemplo, con el tambo, año de parto y mes de parto, aunque por error
no los especifiqué correctamente en el modelo.

Además, para ser más directo en el ejemplo, solo mencioné que el efecto de
la interacción dio significativo, pero también lo fue para el resto de las
variables explicativas consideradas.

Con el afán de plantear un ejemplo sencillo del problema que quería
analizar, éste resultó sin dudas no del todo correcto y complejo de
interpretar.

Volviendo a mi duda inicial y para abstraerme del ejemplo anterior,
supongamos que tengo el siguiente modelo de efectos fijos y que todos los
efectos fueron significativos:

y = a + b + c*d

La duda es, ¿cómo analizar dentro de la interacción c*:*d, la combinación
de niveles que fue diferente estadísticamente para la variable 'y.'?


El planteo sería:

modelo<-Anova(lm(y~a+b+c*d,data=a),type="III")


Para analizar la interacción, utilicé el paquete phia:

interacc_medias<-interactionMeans(modelo)

Pero me produjo el siguiente error:

*Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*



Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u otro?


De nuevo muchas gracias por su ayuda y disculpas si el ejemplo original no
fue del todo correcto.

Muchas gracias.

Rodrigo.


















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El 18 de febrero de 2018, 12:56, Javier Marcuzzi <

Post by Javier Marcuzzi
Estimado Rodrigo López Correa
Yo realizo ese tipo de análisis en mi vida profesional.
¿Qué título tiene o que estudia?
Lo que usted escribe tiene sentido pero biológicamente está con errores,
en su modelo, la producción de leche depende del tambo, mes de parto, año
de parto, lactancia, recuento de células somáticas y relación entre
lactancia y células somáticas. Luego dice que tiene relación significativa
entre la lactancia y células somáticas.
Biológicamente las células somáticas afectan la producción de leche, la
producción de leche afecta las lactancias, entrando muy fino puede haber
diferencias en la histología, pero un cambio por ejemplo ambiental afecta
el recuento de células somáticas. Si mira algún artículo del Journal Dairy
Science su modelo no tiene algo típico como leche = hys + ..., una simple
pregunta como si al envejecer la vaca aumentan las células somáticas, es lo
único a lo que apunta claramente su modelo a responder desde mi punto de
vista, el resto de su modelo tiene problemas biológicos, le recomiendo
definir un poco más ese aspecto de acuerdo a lo que buscas, R le puede
procesar información y dar resultados, pero las vacas se manejan con otras
reglas.
Usted tiene un error anterior, el análisis de las variancias puede ser
bueno, pero usted no está reflejando la producción de leche, no le falta
mucho para escribir el modelo en una forma adecuada, luego lo puede
complicar todo lo que desea, pero le recomiendo ver ese aspecto antes de
continuar.
Javier Rubén Marcuzzi

Post by Rodrigo López Correa
Estimados,
Estoy analizando el siguiente modelo para producción de leche y he
utilizado el paquete car para plantear el siguiente modelo de efectos
modelo<-Anova(lm(leche~tambo_ypart+mpart+lact+rcs_categ3+lact*:*
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*Dr. Rodrigo López Correa.*

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Cel: 099 660 549.

[Javier Marcuzzi]

Estimado Rodrigo López Correa

Entonces deseas meterte dentro la matriz de variancias y covarianzas, para
ese fin desde mi punto de vista busca otra librería que te permita calcular
BLUP, mi preferencia es REML ante otros algoritmos, lógicamente en un
concepto diferente puede usar gibbs. Como está realizando su doctorado en
mejoramiento animal conocerá sobre la partición de la variancia, y de los
efectos ambientales fijos como permanentes, y el recuento de células
somáticas tiene un componente genético de la parte inmune como ambiental
permanente, y como ambiental temporario entrarían unos días lluviosos con
barro, cuándo yo me meto en esos aspectos uso modelos de regresiones
aleatorias. R tiene algunos ejemplos sobre genética, pero estos están con
problemas, por ejemplo, si usted o cualquiera desea conocer el efecto
materno porque los animales se reproducirán por transferencia embrionaria
esos ejemplos caen, porque simplificaron tano el problema en R que esos
planteos no podrían diferenciar en el caso de efectos maternos. La parte de
R que tiene lm …, es básica, busque algo más “vitaminado”, su director de
tesis seguro conoce el problema, consúltele para no perder tiempo
rompiéndose la cabeza intentando usar lm, con esta librería no va a poder.
Depende que realice y cuántos datos, pero prepárese para horas o días de
procesamiento para cada modelo.

Javier Rubén Marcuzzi

Post by Rodrigo López Correa
Estimado Javier Marcuzzi,
Antes que nada muchas gracias por sus sugerencias.
Le comento que soy estudiante de posgrado en Mejoramiento animal y el
ejemplo que planteo es simplemente un análisis apenas preliminar de efectos
fijos, que busca estimar la influencia de recuento de células somáticas
(entre otras variables) sobre producción de leche.
Entiendo que el efecto rodeo-año-estación está de alguna manera contemplado
en el ejemplo, con el tambo, año de parto y mes de parto, aunque por error
no los especifiqué correctamente en el modelo.
Además, para ser más directo en el ejemplo, solo mencioné que el efecto de
la interacción dio significativo, pero también lo fue para el resto de las
variables explicativas consideradas.
Con el afán de plantear un ejemplo sencillo del problema que quería
analizar, éste resultó sin dudas no del todo correcto y complejo de
interpretar.
Volviendo a mi duda inicial y para abstraerme del ejemplo anterior,
supongamos que tengo el siguiente modelo de efectos fijos y que todos los
y = a + b + c*d
La duda es, ¿cómo analizar dentro de la interacción c*:*d, la combinación
de niveles que fue diferente estadísticamente para la variable 'y.'?
modelo<-Anova(lm(y~a+b+c*d,data=a),type="III")
interacc_medias<-interactionMeans(modelo)
*Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*
Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u otro?
De nuevo muchas gracias por su ayuda y disculpas si el ejemplo original no
fue del todo correcto.
Muchas gracias.
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El 18 de febrero de 2018, 12:56, Javier Marcuzzi <

Post by Javier Marcuzzi
Estimado Rodrigo López Correa
Yo realizo ese tipo de análisis en mi vida profesional.
¿Qué título tiene o que estudia?
Lo que usted escribe tiene sentido pero biológicamente está con errores,
en su modelo, la producción de leche depende del tambo, mes de parto, año
de parto, lactancia, recuento de células somáticas y relación entre
lactancia y células somáticas. Luego dice que tiene relación

significativa

Post by Javier Marcuzzi
entre la lactancia y células somáticas.
Biológicamente las células somáticas afectan la producción de leche, la
producción de leche afecta las lactancias, entrando muy fino puede haber
diferencias en la histología, pero un cambio por ejemplo ambiental afecta
el recuento de células somáticas. Si mira algún artículo del Journal

Dairy

Post by Javier Marcuzzi
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lo

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único a lo que apunta claramente su modelo a responder desde mi punto de
vista, el resto de su modelo tiene problemas biológicos, le recomiendo
definir un poco más ese aspecto de acuerdo a lo que buscas, R le puede
procesar información y dar resultados, pero las vacas se manejan con

otras

Post by Javier Marcuzzi
reglas.
Usted tiene un error anterior, el análisis de las variancias puede ser
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mucho para escribir el modelo en una forma adecuada, luego lo puede
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continuar.
Javier Rubén Marcuzzi
El 18 de febrero de 2018, 12:13, Rodrigo López Correa <

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utilizado el paquete car para plantear el siguiente modelo de efectos
modelo<-Anova(lm(leche~tambo_ypart+mpart+lact+rcs_categ3+lact*:*
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El resultado dio siginificativa la interacción entre lact y rcs_categ3.
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