[R-es] error en función ggadjustedcurves, paquete survminer

[Patricio Suárez Gil]

cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
cox2

Call:
coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)

coef exp(coef) se(coef) z p
imc_25 -0.621 0.537 0.299 -2.08 0.038
sexo.1M 0.714 2.042 0.387 1.84 0.065

Likelihood ratio test=6.23 on 2 df, p=0.0444
n= 76, number of events= 54

ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)

Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected

Agradezco cualquier feedback.

Saludos,


Patricio


Patricio Suárez Gil
Unidad de Investigación Área V-Gijón
Planta 5ª Impar
Hospital Universitario de Cabueñes
C/Prado, 395
33394 Gijón (Asturias)
Tfno: 985 185 000 (Ext. 85715)
@uinvest_psg
***@sespa.es
ESPAÑA












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[Freddy Omar López Quintero]

Hola.

Sin tener una muestra de los datos es un poco difícil saber bien la causa,
pero parece que la forma en la que tienes los datos no es coherete para
ggadjustedcurves. Veo en la documentación de esta función:

*data* a dataset for predictions. If not supplied then data will be

extracted from the fit object.

lo que me hace sospechar que deberías probar sin pasarle este argumento a
la función y/o ver si siendo tipo data.frame funciona. Talvez tienes los
datos de otra forma (¿array, matrix, ..?).

Saludos.

Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por
una covariable (sexo) con la función ‘ggadjustedcurves’, pero me da el

cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
cox2

coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
coef exp(coef) se(coef) z p
imc_25 -0.621 0.537 0.299 -2.08 0.038
sexo.1M 0.714 2.042 0.387 1.84 0.065
Likelihood ratio test=6.23 on 2 df, p=0.0444
n= 76, number of events= 54

ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)

Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
Agradezco cualquier feedback.
Saludos,
Patricio
Patricio Suárez Gil
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[Álvaro Hernández]

Hola:

Creo que van por ahí los tiros pero no respecto al argumento 'data',
sino a 'variable'. En la ayuda de la función dice que tiene que ser un
character (el error, de hecho, te dice que no encuentra la columna).

Prueba con: ggadjustedcurves(cox2, variable = "sexo.1", data = datos)

Un saludo
Álvaro

Post by Freddy Omar López Quintero
Hola.
Sin tener una muestra de los datos es un poco difícil saber bien la causa,
pero parece que la forma en la que tienes los datos no es coherete para
*data* a dataset for predictions. If not supplied then data will be

extracted from the fit object.

lo que me hace sospechar que deberías probar sin pasarle este argumento a
la función y/o ver si siendo tipo data.frame funciona. Talvez tienes los
datos de otra forma (¿array, matrix, ..?).
Saludos.

Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por
una covariable (sexo) con la función ‘ggadjustedcurves’, pero me da el

cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
cox2

coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
coef exp(coef) se(coef) z p
imc_25 -0.621 0.537 0.299 -2.08 0.038
sexo.1M 0.714 2.042 0.387 1.84 0.065
Likelihood ratio test=6.23 on 2 df, p=0.0444
n= 76, number of events= 54

ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)

Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
Agradezco cualquier feedback.
Saludos,
Patricio
Patricio Suárez Gil
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[Carlos Ortega]

Hola,

library(survival)
fit2 <- coxph( Surv(stop, event) ~ size, data = bladder )
# single curve
ggadjustedcurves(fit2, data = bladder)

Que produce este gráfico.

[image: Imágenes integradas 1]

Solamente tienes que pasar la variable donde guardas el modelo y los datos.

Pero puedes valorar otras opciones, representar las curvas de
supervivencia, estratificadas por otra variable (los grupos, etc, etc).

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por
una covariable (sexo) con la función ‘ggadjustedcurves’, pero me da el

cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
cox2

coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
coef exp(coef) se(coef) z p
imc_25 -0.621 0.537 0.299 -2.08 0.038
sexo.1M 0.714 2.042 0.387 1.84 0.065
Likelihood ratio test=6.23 on 2 df, p=0.0444
n= 76, number of events= 54

ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)

Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
Agradezco cualquier feedback.
Saludos,
Patricio
Patricio Suárez Gil
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