[R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares

[Yesica Pallavicini Fernandez]

Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.

Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.

¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)

Gracias

summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
variety:Y 23 26.9 1.2 2.101 0.003570 **
treat:Y 1 14.8 14.8 26.608 6.21e-07 ***
variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)

yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
Simeto 6.910648 a
Bolo 6.907407 a
Vitron 6.896759 a
Bolido 6.878704 a
Mexa 6.804630 a
D.Pedro 6.779630 a
Dorondon 6.724537 a
D.Ricardo 6.656019 a
Burgos 6.582870 a
Tussur 6.529514 a
D.Sebastian 6.412500 a
Kiko.Nick 6.374074 a

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[Francisco Rodríguez]

Antes de hablar de incongruencia habria que especificar si es de la interpretacion o del algoritmo dr R. Para descartar lo último compara si puedes con otro softaware, o intenta, si no es muy complicado montar el algoritmo co formulas excel



Enviado desde mi smartphone Samsung Galaxy.


-------- Mensaje original --------
De: Yesica Pallavicini Fernandez <***@gmail.com>
Fecha: 20/2/18 13:48 (GMT+01:00)
Para: r-help-***@r-project.org
Asunto: [R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares

Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.

Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.

¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)

Gracias

summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
variety:Y 23 26.9 1.2 2.101 0.003570 **
treat:Y 1 14.8 14.8 26.608 6.21e-07 ***
variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)

yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
Simeto 6.910648 a
Bolo 6.907407 a
Vitron 6.896759 a
Bolido 6.878704 a
Mexa 6.804630 a
D.Pedro 6.779630 a
Dorondon 6.724537 a
D.Ricardo 6.656019 a
Burgos 6.582870 a
Tussur 6.529514 a
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[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola.

La "incongruencia" puede deberse a que el test de Fisher y el de Tukey
se calculan de manera diferente.
En este enlace explican esa y alguna otra  de las posibles causas:

http://www.pmean.com/05/TukeyTest.html

Otra de las posibilidades es que las diferencias entre algunas de las
variedades sean casi marginales y que tras el ajuste de los p-valores
para tener en cuenta los múltiples tests su significación sea > 0.05.
Esto lo podrías comprobar usando la función TukeyHSD(), es decir,
podrías comprobar qué variedades presentan una diferencia más "próxima a
la significación" viendo cuáles de los "p.adj." están más próximos a
0.05 (probablemente sean esos pares de variedades los que causan que el
ANOVA sea significativo:

TukeyHSD(Za,"variety")



Marcelino.

Post by Yesica Pallavicini Fernandez
Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.
Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.
¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)
Gracias
summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
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variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)
yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
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[PEDRO CONCEJERO CEREZO]

Hola, Yesica,

Tienes 24 categorias en "variety" y si no me equivoco tienes unos 200 y pico casos. Ademas tienes otros 3 factores. Puede ser que no llegues ni a 10 casos por casilla del producto cartesiano de todos esos factores.

Con ello considero que no tienes potencia suficiente para calcular Tukey, date cuenta que Tukey hace *todas* las comparaciones por pares ("pairwise"), imaginate la combinatoria.

Por lo que te dice el anova efectivamente yo apostaria por que hay diferencias entre "varieties" pero con ese diseño no puedes verificar entre que *subconjuntos* hay diferencias, con pairwise (Tukey es relativamente poco conservador, hay seguro variaciones más liberales, pero aun así el problema es la gran cantidad de varieties).

Una alternativa es planificar comparaciones "a priori", esto es, no todas las varieties contra todas, sino siguiendo alguna hipotesis, subgrupos contra subgrupos. Esto no es complicado, busca en google "a priori comparisons anova" seguro que encontraras informacion relevante.

Esto espero que te ayude sobre la primera pregunta. Sobre las otras:

Claro que puedes confiar en esa p de la F "omnibus", pero como suele suceder con el analisis de experimentos, la clave esta en el diseño. En este caso no es incongruencia, es que es un diseño quizas muy complicado para el numero de casos que has incorporado.

Sobre como hacerlo (uf hace mucho tiempo que no hago analisis de experimentos) he encontrado esto:

http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf<http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf>

Saludos!

Pedro

El 20/02/2018 a las 15:07, r-help-es-***@r-project.org<mailto:r-help-es-***@r-project.org> escribió:

Message: 1
Date: Tue, 20 Feb 2018 13:48:35 +0100
From: Yesica Pallavicini Fernandez <***@gmail.com><mailto:***@gmail.com>
To: r-help-***@r-project.org<mailto:r-help-***@r-project.org>
Subject: [R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares
Message-ID:
<***@mail.gmail.com><mailto:***@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.

Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.

¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)

Gracias

summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))

Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
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variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)

yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
Simeto 6.910648 a
Bolo 6.907407 a
Vitron 6.896759 a
Bolido 6.878704 a
Mexa 6.804630 a
D.Pedro 6.779630 a
Dorondon 6.724537 a
D.Ricardo 6.656019 a
Burgos 6.582870 a
Tussur 6.529514 a
D.Sebastian 6.412500 a
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