Discussion:
[R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación
Jaume Tormo
2018-06-19 09:43:30 UTC
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Estimados erreros,

Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
variación. Os pongo un ejemplo:
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
#El resultado es:
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2

La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*

¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?

Muchas gracias.
--
Jaume Tormo.
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[[alternative HTML version deleted]]
Marcelino de la Cruz Rot
2018-06-19 11:07:27 UTC
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Hola Jaume:

Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
previamente 1 a "prec":

p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)


Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637

Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923

 coincide con tu cálculo manual.

En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.

Saludos,

Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?
Muchas gracias.
--
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España
Jorge Virto
2018-06-19 11:16:51 UTC
Permalink
Hola,

en la misma definición de la función:

# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)

Un saludo,
Jorge
Post by Marcelino de la Cruz Rot
Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637
Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923
coincide con tu cálculo manual.
En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
Saludos,
Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?
Muchas gracias.
--
--
Jorge Virto Moreno
Dpt. Economia Aplicada III
Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU
Avda. Lehendakari Agirre, 83
48015 Bilbao
Spain
Tel: 94 601 3851
Fax: 94 601 3754

eman ta zabal zazu
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Universidad del País Vasco
Euskal Herriko Unibertsitatea
[[alternative HTML version deleted]]
Jaume Tormo
2018-06-19 21:22:10 UTC
Permalink
Hola Jorge y Marcelino,

Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
función?

Gracias de nuevo.

Jaume.
Post by Jorge Virto
Hola,
# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
Un saludo,
Jorge
Post by Marcelino de la Cruz Rot
Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637
Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923
coincide con tu cálculo manual.
En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
Saludos,
Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
coeficiente
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima
media
Post by Marcelino de la Cruz Rot
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media
mensual
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica
como
Post by Marcelino de la Cruz Rot
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro
de
Post by Marcelino de la Cruz Rot
biovars para saber que está haciendo?
Muchas gracias.
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Jorge Virto Moreno
Dpt. Economia Aplicada III
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Jaume Tormo.
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Marcelino de la Cruz Rot
2018-06-20 12:21:09 UTC
Permalink
Hola Jaume:

Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:

 findMethods(biovars)

La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del
paquete. Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código
fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN
(https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este
caso, directamente desde su página de Github
(https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).


Un saludo,

Marcelino
Post by Jaume Tormo
Hola Jorge y Marcelino,
Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
función?
Gracias de nuevo.
Jaume.
Hola,
# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
Un saludo,
Jorge
Post by Marcelino de la Cruz Rot
Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637
Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923
 coincide con tu cálculo manual.
En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
los que
Post by Marcelino de la Cruz Rot
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
Saludos,
Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
coeficiente
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
mínima media
Post by Marcelino de la Cruz Rot
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
media mensual
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
variables
Post by Marcelino de la Cruz Rot
relevantes para la distribución de especies.
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
explica como
Post by Marcelino de la Cruz Rot
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
en dentro de
Post by Marcelino de la Cruz Rot
biovars para saber que está haciendo?
Muchas gracias.
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Jorge Virto Moreno
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
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Jaume Tormo
2018-06-22 12:21:49 UTC
Permalink
Muchas gracias.

Jaume.

El 20 de junio de 2018, 14:21, Marcelino de la Cruz Rot <
Post by Marcelino de la Cruz Rot
findMethods(biovars)
La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del paquete.
Generalmente en la carpeta "R" del paquete con el código fuente comprimido
(dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN (
https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este
caso, directamente desde su página de Github (
https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).
Un saludo,
Marcelino
Post by Jaume Tormo
Hola Jorge y Marcelino,
Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
función?
Gracias de nuevo.
Jaume.
Hola,
# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
Un saludo,
Jorge
Post by Marcelino de la Cruz Rot
Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637
Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923
coincide con tu cálculo manual.
En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
los que
Post by Marcelino de la Cruz Rot
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
Saludos,
Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
coeficiente
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
mínima media
Post by Marcelino de la Cruz Rot
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
media mensual
Post by Marcelino de la Cruz Rot
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
variables
Post by Marcelino de la Cruz Rot
relevantes para la distribución de especies.
bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
explica como
Post by Marcelino de la Cruz Rot
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
en dentro de
Post by Marcelino de la Cruz Rot
biovars para saber que está haciendo?
Muchas gracias.
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Jorge Virto Moreno
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Avda. Lehendakari Agirre, 83
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Fax: 94 601 3754
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Xavier-Andoni Tibau Alberdi
2018-06-19 21:24:15 UTC
Permalink
View(funcion), tambien vale para ver variables.

El mar., 19 jun. 2018 15:34, Marcelino de la Cruz Rot <
Post by Marcelino de la Cruz Rot
Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
Es decir, en tu caso,
cv(prec+1)
[1] 109.9637
Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
cv(prec)
[1] 112.5923
coincide con tu cálculo manual.
En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
Saludos,
Marcelino
Estimados erreros,
Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
coeficiente de
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
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bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
13.83333
bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
(sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*
¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
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